Hotelový komplex prodělal v 90. letech 20. století řadu stavebních úprav a přestaveb, které zásadním způsobem zasahovaly do interiérů budovy hotelu. Vnitřní prostor hotelu prošel další úpravou i v letech 2001–2002 a z původních interiérů se téměř nic nedochovalo. V důsledku těchto mnohačetných přestaveb ztratil hotel původní charakter. Zároveň došlo také k necitlivým a zásadním úpravám exteriéru.
Hotel Intercontinental vznikal v brutalistním stylu ve spolupráci tří architektonických kolektivů pod vedením Karla Filsaka. V roce 2015 obdrželo Ministerstvo kultury podnět pražského pracoviště Národního památkového ústavu ( NPÚ) na prohlášení hotelu InterContinental za kulturní památku. Po důkladném zkoumání nezahájilo Ministerstvo kultury správní řízení o prohlášení věci za kulturní památku. Na konci roku 2019 vyšla, v rámci výzkumného projektu NPÚ, publikace s názvem Hotel Intercontinental v Praze, která tuto stavbu zdokumentovala. Ministerstvo kultury vnímalo výsledky vědecké práce kolektivu autorů jako výrazný posun ve vývoji odborného názoru na tuto stavbu. V památkové péči je běžné, že se hloubka poznání i vědecké názory v čase mění a prohlubují, proto se Ministerstvo kultury znovu začalo podnětem NPÚ z roku 2015 zabývat a zahájilo správní řízení, ve kterém po několikaměsičním zkoumání nakonec dospělo k závěru Intercontinental za kulturní památku neprohlásit.
Ministerstvo kultury v žádném případě nezpochybňuje vědeckou práci odborníků v čele s NPÚ, protože hodnotí hotel Intercontinental jako dílo architektonicky výrazné, a ve vztahu k tehdejší tuzemské stavební produkci bezpochyby nadstandardní úrovně. Na druhou stranu je však nezbytné uvést, že mezi odborníky na historii architektury, urbanismus a ochranu památek a historických sídel panují zcela rozdílné názory na kvalitativní přínos objemově i výškově značně předimenzované budovy, pohledově exponované a na moderní intervence citlivé prostředí pražského Starého Města a přilehlého vltavského nábřeží. V této souvislosti si je nutné rovněž uvědomit, že historie architektury není totožnou disciplínou s památkovou péčí, protože Ministerstvo kultury musí při vedení správního řízení brát v úvahu a respektovat mnoho dalších skutečností, včetně toho, že soubor „hotel Intercontinental“ není tvořen pouze hlavní ubytovací budovou, ale jeho nedílnou stavební součástí jsou i dobové podzemní garáže apod.
Objekt hotelu a jeho přilehlá volná prostranství jsou chráněna režimem pražské památkové rezervace a podle zákona o státní památkové péči si vlastník nemovitosti musí k zamýšlené stavbě, rekonstrukci a dalším úpravám předem vyžádat závazné stanovisko obecního úřadu obce s rozšířenou působností, tj. Magistrátu hl. m. Prahy. Ministerstvo kultury zdůrazňuje, že nelze nijak spojovat, ať už v tomto konkrétním případě, ale i obecně, řízení Ministerstva kultury o prohlášení věci za kulturní památku a záměr na zástavbu piazzetty u hotelu Intercontinenta . Důvodem je především to, že zatímco v řízení o prohlášení věci za kulturní památku posuzuje Ministerstvo kultury pouze to, zda věc nebo soubor věcí má nebo nemá hodnoty kulturní památky, záměr na zástavbu piazzetty u hotelu Intercontinental by byl posuzován (a řízen) jiným orgánem, a to stavebním úřadem, kdy v takovémto případě památková péče vydává pouze závazné stanovisko do řízení stavebních orgánů .
